蚌埠市疾控中心成立于2005年8月。科研方向是应用预防医学理论和相关技术开展各种传染病、非传染性疾病的预防和控制、公共卫生、职业卫生监测、评价、卫生检测检验、科研与培训相结合的卫生技术服务机构；是遵循预防为主方针，应用预防医学理论和技术进行预防、控制和消灭疾病、改善卫生状况，增进公众健康的卫生事业单位；是预防医学领域内多学科的综合性专业机构，是科学技术部门。蚌埠市疾控中心根据国家和地方政府颁发的有关卫生规范和标准进行工作；是卫生行政部门的参谋机构，是蚌埠地区疾病预防与控制工作的业务技术指导和培训中心。
蚌埠市疾控中心主要承担制定辖区内急慢性传染病、慢性非传染性疾病的预防控制规划、计划、组织并实施，建立突发性公共卫生应急处理运行机制，指导、组织和调查处理全市发生的重大传染病疫情、新发传染病、群体性不明原因疾病等突发性卫生事件。开展对人群生存环境卫生质量及生命质量的危险因素和食品、职业、环境、学校卫生等卫生学监测与评价，并对全市急慢性传染病、慢性非传染性疾病、公害病、学生常见病及意外伤害等流行病学监测、分析，组织开展全市性的免疫预防接种工作，拟订全市的消毒杀虫工作规划和技术措施，并开展其效果的监测和评价。承担全市的卫生监督检验工作和预防性健康检查工作。
中心现拥有办公、培训、科研用房5000多平方米，恒温实验室600余平方米；配备有原子吸收、气相色谱、高效液相色谱、氢化物发生-原子荧光、电子天平、高级显微镜、摄像机、计算机、紫外-可见分光光度计、酶标仪等大型检测检验设备。中心现有职工78人，其中高级职称9名，中级职称32名。设有办公室、质量管理科、行政科、财务科、理化检验科、微生物检验科、公共卫生科、地方病与寄生虫病防治科、急性传染病科（应急办）、健康教育与慢性病防治科、门诊部(体检中心)、结核病防治科、免疫规划科、性病艾滋病防治科等15个科室。
社会经济的迅速发展，人们对卫生服务需求的提高，以及国家卫生规范、标准的逐步建立和完善，法制管理的加强，中心承担的相应检测检验任务也随之加重，检测的种类、数量也将不断扩大，检测的水平也逐步得到提高。微生物实验室曾获得一项蚌埠市科技成果二等奖，理化实验室多次通过国家碘缺乏病实验室的质控考核并取得该单位和联合国儿童基金会颁发的碘盐和尿碘合格实验室称号。微生物和理化实验室还多次参加上级组织的实验室质控考核并都取得了较好的成绩。该中心可开展各类检测参数214个，具有较强的检测能力，能够为社会提供科学的、公正的卫生检测服务。